国际货代税收的影响分两个方面的问题：一是国际货代自身应该按什么标准交纳营业税，另一个方面是国际货代给托运人开出的国际货运代理专用发票能否抵扣托运人的增值税。

　　货代企业该按什么标准交纳营业税？

　　首先是这家货代公司应该按什么标准交纳营业税？所谓的差额纳税的含义是货代公司按照向托运人出具的货代专用发票与付给船公司的运费之间的差额交纳营业税。而当地的地税要求这家公司按照他们开具的货代专用发票全额交纳营业税。

　　记者通过互联网向税务代理专家咨询。一位税务专家明确表示，根据“中华人民共和国营业税暂行条例”，国际货运代理公司如果从事的是单纯的代理业，适用营业收入5%的营业税率；“陆运、空运或国际快件”属运输业，则适用3%的营业税率；如为“陆运、空运或国际快件”提供代理服务，则依旧适用5%的营业税率。国际货运代理公司如果按照收取“差价”的做法，可能被解释为“不务正业”，导致税务机关按照营业额全额征税。

　　记者了解到，对于货运代理营业税问题，各地做法虽不同，但还是倾向于差额纳税，象石家庄这种做法比较极端。而且，在货代公司相互委托的情况下，货代发票之间也可以抵扣，按差额交纳营业税。

　　深圳模式解决增值税抵扣问题

　　货代专用发票属于代理业发票，不能抵扣增值税，而运输业发票可以抵扣增值税。而托运人有时候要求货代提供能够抵扣增值税的发票，以降低应税利润。为解决货运代理的两难问题，深圳市地方税务局经过研究，明确了一种变通办法，从2003年开始执行。

　　这种做法是这样处理的。对于账册健全的货物运输代理企业，可凭《营业执照》、《税务登记证》和交通部门颁发的《运输许可证》，到所在辖区征收分局（征收所）领购运输业专用发票，用于与委托人之间结算运费，但其所收代理费用，仍应开具代理业发票。货代企业将代理业发票和运输业发票配套开具，并在代理业发票备注栏里填写运输业发票号码，在运输业发票备注栏里填写代理业发票号码。核销发票时，税务局将所开代理业发票和运输业发票配套核销，并严格审查企业所收代理费用是否由代理业发票开具。而对于账册不健全的货物运输代理业纳税人，凭承运人开具的已结算运费的运输发票，到所在辖区税务局审核后，由管理科开具相同金额的运输业发票（开具此票不需征税），用于与托运人之间结算运费，但其所收代理费用，仍开具代理业发票。税务局参照所开运费发票及纳税人使用的代理业发票，核定纳税人的定额。

　　深圳推行这一做法后，业界反应良好：“虽然手续麻烦了一点，但是给需要抵扣增值税的托运人一个交待。”

　　给个准信物流业务纳税

　　物流已经成为中国货代业转型的*大目的地，但时至今日，物流企业怎么纳税仍是个问题，更没有统一的物流专用发票。

　　由于物流企业开展业务既有运输业务，又有仓储业务，但在现行的税收制度中，交通运输业按3%税率征收营业税，仓储业按5%征收，不利于物流企业开展一体化运作。业界有人士建议，国家对物流企业的营业税税率统一按3%的税率征收。关于物流企业重复征税问题。由于现代物流企业发生大量物流业务外包，在运输环节可以抵扣外包收入后纳税。对营业税税基，比照旅游和联运业，实行扣除外包营业收入后计税的原则。

　　2004年8月5日，国家发展和改革委员会、商务部等九部委联合印发《关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》，提出要“合理确定物流企业营业税计征基数。物流企业将承揽的运输、仓储等业务分包给其他单位，对统一收取价款的，应以给企业取得的全部收入减去其他项目支出后的余额，为营业税的计税基数”，即差额交纳营业税，具体操作细则由国家税务总局制订。

　　但直到现在，税务总局的操作细则还没有出台，物流企业还得接受煎熬。